Слюна пиявки богата биологически активными веществами, которые влияют на процессы свертываемости крови, поэтому лечение пиявками категорически противопоказано при заболеваниях, связанных с нарушениями свёртываемости крови:

• гемофилия, 
• геморрагический диатез, 
• врождённые и приобретённые тромбоцитопении и коагулопатии. 

По схожим причинам в числе противопоказаний к гирудотерапии оказалась анемия –стойкое снижение гемоглобина крови. С точки зрения химии, гемоглобин является сложным железосодержащим белком. Он содержится главным образом в эритроцитах – красных кровяных тельцах. Недостаток и снижение функциональной активности гемоглобина приводит к кислородному голоданию организма, от которого страдают все органы и ткани. При ярко выраженной анемии любая кровопотеря становится серьёзным испытанием для организма

Следующим противопоказанием к гирудотерапии также является гипотония – пониженное артериальное давление, поскольку кровоизвлечение у таких пациентов приводит к резкому снижению давления и обморочному состоянию.
Анемия, истощение и нарушения свёртываемости крови нередко наблюдаются при онкологических заболеваниях. Помимо прочего, распад опухолей сопровождается обильными кровотечениями и кровоизлияниями. Так что злокачественные опухоли считаются абсолютным противопоказанием к гирудотерапии.

Противопоказана гирудотерапия и при острых заболеваниях:

• острая сердечно-сосудистая недостаточность, 
• острые расстройства мозгового кровообращения,
• инфаркт миокарда в остром периоде,
• психические заболевания,
• лихорадки невыясненного происхождения. 

Индивидуальная непереносимость компонентов слюны пиявки встречается редко, но в то же время служит веским противопоказанием к гирудотерапии.

К противопоказаниям для постановки пиявок относят так же физиологические состояния женского организма – беременность, менструация, послеродовый период. Известно, что кровоизвлечения при беременности могут спровоцировать выкидыш, а постановка пиявок во время менструации или незадолго до неё может резко усилить кровотечение. Если же роженица перенесла кесарево сечение, то гирудотерапию можно проводить лишь спустя 3-4 месяца.